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HTseq

手元にあるbamファイル<BAM.bam>から手元にあるgff<GFF.gff3>を使ってカウントデータを手軽に取得できるPython script htseqをインストールする pip install htseq --user *bamファイルを使いたい場合pysamも必要 pip install pysam --user *numpyがない場合は上記と同様にイン</gff.gff3></bam.bam>…

シェルスクリプト入門

とりあえず #!/bin/sh から始める var=10 変数の展開は echo ${var} -> 10 計算式は `expr 10000 \* ${var}` -> 100000 繰り返しは、seq関数を使って for i in `seq 1 10` do echo ${i} done -> 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10

インストールがうまくいかないRuby-gemについて その3

最終的に alias rubyz="ruby -I/home/username/.gem/ruby/2.2.0/gems/zdd-1.0.0-linux/lib/nysol" を.bashrc ( .zshrc)に記載することで解決した $ rubyz samplecode.rb でzddがrequireできる

box-windows

Boxの同期フォルダの変更方法 Box Sync 4.0 - 同期フォルダの変更方法 – コムチュアマーケティング 既存のフォルダに直接は作れないため、いったんBoxアプリに新規フォルダを作成させ、ファイルを移動する。4000個、8GBのファイルを一度にアップすると、30分…

box-linux-sync

無償2GBのDropboxが手狭になってきた また、今後積極的にバージョン履歴を使っていきたいと考えているがDropboxはバージョン履歴が1ヶ月しか遡れず心もとない 無償10Gで有料版ではバージョン履歴無制限(ただし、バージョン履歴の機能は有料)のBox.comを試…

dotfiles@github

Dotfilesをgithubで管理する 目的 複数の環境でbashやvim, zshの設定を統一したい ホームディレクトリ直下にdotfilesというディレクトリを作って、ここでgit init 使用中の.vimrcや.zshrcを~/dotfilesに移動 mv ~/.vimrc ~/dotfiles/vimrc 移動後 ln -s ~/do…

tmuxの基本動作

tmux 起動 tmux attach 再接続 tmux attatch -d クライアントのウインドウサイズに合わせて再接続 exit 終了 Ctrl+Bが基本動作 +D 切断 +C 新しいタブを開く +N 次のタブへ移動 +P 前のタブへ移動 +" 縦に二つに画面を分割する ⁺% 横に二つに画面を分割する …

.bashrc記載ミス

.bashrcの記載をミスるとターミナルが使えなくなり詰む原因はbashコマンドへのパスがなくなるからその時は手で修正export PATH=$PATH:/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/bin:/usr/lib/jvm/default/binとりあえずこのくらい通しておけば一通り動けるので、…

.vimrcの設定

http://qiita.com/marrontan619/items/541a1374e1ac672977e6 http://blog.remora.cx/2011/08/display-invisible-characters-on-vim.html

Manjaro日本語入力

引き続き 日本語入力環境をと思い 日本語の設定 - Manjaro Linux を参考にインストール Anthyは開発がストップしているとのことだったので、mozcを入れてみる。バックドアはないらしい。 言われるがままにインストールして、.bashrcを編集しようと思ったが、…

Manjaro USBインストール

Manjaroをインストールしたいが、ぜろすぴんどる・・・ USBメモリからインストールする Manjaroスナップショットは15.06(64bit) http://sourceforge.net/projects/manjarolinux/files/release/15.09/xfce/manjaro-xfce-15.09-x86_64.iso 下記を参考に Burn a…