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NetworkAnalystを使う

遺伝子発現セットを投げるとネットワークを作成してくれるweb interface

NetworkAnalyst

affymetrixのアレイだとRのaffyライブラリが便利

とりあえず比較したい.CELファイルを入れたディレクトリから

out <- "dataset.txt"

library(affy)

foo <- ReadAffy()

bar <- mas5(foo)

write.exprs(bar, file=out)

 これだけでは足りず、第1・2列は

c("#NAME", sample1, sample2, ....)

c("#CLASS:TYPE", condition1, condition1, .... condition2, condition2, ...)

としておかないとサイトで受け入れてくれない。

 

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