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HTseq

手元にあるbamファイル<BAM.bam>から手元にあるgff<GFF.gff3>を使ってカウントデータを手軽に取得できるPython script

htseqをインストールする

pip install htseq --user

*bamファイルを使いたい場合pysamも必要

pip install pysam --user

*numpyがない場合は上記と同様にインストールする

 

使い方

htseq-count -f bam -i  BAM.bam GFF.gff3 > output.txt

リダイレクトを忘れずに

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